1. Tip: de punt van een aquarelpen is over het algemeen rond, terwijl de punt van een markeerstift plat is, die is verdeeld in een vezelachtige punt en een schuimachtige punt.
2. Inkt: Markers zijn op waterbasis, op oliebasis en op alcoholbasis, terwijl aquarelpennen slechts één type op waterbasis hebben.
3. Kleuren: aquarelpennen kunnen geen kleuren stapelen, maar markeringen kunnen kleuren stapelen. Markers zijn gemakkelijker te kleuren dan aquarelpennen.
4. Gebruik: Het voordeel van een aquarelpen is dat deze voldoende water heeft, de kleur rijk en helder is, en het nadeel is dat het water ongelijk is, de overgang onnatuurlijk is en de twee kleuren niet gemakkelijk met elkaar te verzoenen, dus het is over het algemeen geschikt voor kinderschilderijen en kan ook als stift worden gebruikt.
Het voordeel van de marker is dat het water uniform is en het nadeel is dat het kleurcontrast zwakker is, maar de twee kunnen goed op elkaar worden afgestemd en kunnen architecturale weergaven en industriële ontwerpweergaven tekenen.
